EMSLi kui organisatsiooni struktuuri kuuluvad:

• üldkoosolek – kõrgeim organ, mille pädevuses on näiteks põhikirja muutmine, eesmärgi muutmine, nõukogu liikmete valimine, majandusaasta aruande kinnitamine jne. Üldkoosoleku kutsub kokku juhatus tavaliselt üks kord aastas.
• nõukogu – seaduse mõttes volinike koosolek, EMSLi pikemaajalist tegevust kavandav, juhatuse tegevust juhendav ja igapäevase tegevuse raamest väljuvaid küsimusi otsustav organ.
• meeskond – eesotsas üheliikmelise juhatusega korraldab igapäevast tegevust ning viib ellu tegevuskava

EMSLi põhikiri on lühike ent tõhus.

Vaata ka:
Üldkoosoleku protokollid ja EMSLi aastaaruanded